В Якутске и его пригородах насчитывается несколько десятков озер. Наиболее крупные из них: Сайсары (площадь 0,6 кв. км, глубина 5 м), Белое (0,8 кв. км, глубина 7 м), Аласное и другие. Котловины озер в основном имеют плоское дно и слабовыраженные склоны, заросшие камышом и осокой. Наполнение озер водой происходит за счет таяния снега и частично летне-осенних дождей. В многоводные годы эти озера пополняются водами небольших рек Шестаковки и Мархинки. В гидрологическом режиме озер четко прослеживается весенний подъем уровня со второй декады мая, наступающий на 10-15 суток позже половодья на реках. Примерно с конца 60-х гг., когда началось активное строительство в районе Якутска, проточные озерные системы были нарушены. За счет техногенного вмешательства (строительство дорог, дамб, насыпей и перепланировка территории) изменился водный и гидрохимический режим большинства озер. Одни практически исчезли (Чонхой), другие изменили площадь зеркала и объем воды (Ытык-Кюель, Сайсары), третьи появились вновь. Воды озер города весьма разнородны по химическому составу. От маломинерализованных гидрокарбонатных, смешанных по составу анионов и катионов до солоноватых и соленых.