Рыбы озера Байкал, как объект эволюционных исследований, отличаются особой привлекательностью. Это связано с тем, что для них характерен небольшой эволюционный возраст и высокая степень морфологического и генетического разнообразия. В течение последних неполных 20-ти лет молекулярно-филогенетические исследования рыб Байкала были сосредоточены, в основном, на уровне надвидовой эволюции. Выявлено близкое филогенетическое родство букета видов подкаменщиковых рыб Байкала (Cottoidei). Согласно полученным данным время, прошедшее с начала дивергенции от предковой формы, для байкальских Cottoidei ограничено 1-3 млн. лет. Анализ нуклеотидных последовательностей митохондриальной ДНК выявил еще одну особенность, характерную для этой группы видов -большое количество несинонимичных замен в генах митохондриальной ДНК. На сегодняшний день этот факт можно объяснить быстрыми темпами видообразования. В результате проведенных молекулярно-филогенетических исследований байкальских лососевых, выявлено близкое филогенетическое родство байкальского омуля и байкальских сигов. Величина генетических расстояний между этими формами позволяет предположить, что они находятся на начальной стадии видообразования. Байкальский омуль, до сих пор считавшийся подвидом арктического омуля, в действительности оказался формой, филогенетически далекой от этого вида и обладающей лишь конвергентным морфологическим сходством с ним. Исследования молекулярной филогении видов позволяют проследить основные направления и темпы радиации видов. Для понимания же механизмов и закономерностей видообразования и эволюции в целом, необходимо также углубленное изучение генетических процессов, протекающих на индивидуальном, популяционном и межпопуляционном уровнях. Россия, Лимнол. ин-т СО РАН, Иркутск.