Онежское озеро – один из крупных водных бассейнов, расположенных в зоне сочленения древнего Балтийского кристаллического щита и Русской платформы. Котловина озера заложилась еще в протерозое и прошла сложный путь тектонических преобразований в континентальном и морском режиме. Геологическому строению Онежской котловины посвящены как классические работы прошлого (Иностранцев, 1877), так и исследования нашего времени (Бискэ и др., 1971; Квасов, 1975; Квасов, Амантов, 1990). Северная часть представляет собой Онежскую среднепротерозойскую мульду, западная – Западноонежскую синеклизу, а юго-восточная сложена верхневендскими и верхнедевонскими отложениями. Онежская мульда образована кварцитами, доломитами, сланцами и шунгитами с интрузиями диабазов. Осадочные породы мульды смяты в пологие складки северо-западного простирания с уклоном на юго-восток. В последующие эпохи активная денудация и ледниковая экзарация привели к дифференциации рельефа. Описан состав диатомовых комплексов.