В обоих эстуариях органический углерод обогащается {13}C в направлении открытого моря. Отложения в Обской губе содержат на -1,3%%меньше изотопов по сравнению с эстуарием Енисея. Наиболее низкое значение дельта{13}C (-28,7%%) находится в центре Обской губы, а самое высокое (-24,5%%) – в Карском море около эстуария Енисея. Отношение изотопов углерода коррелирует с градиентом солености воды. Обская вода имеет более высокую концентрацию HCO[3] (76,3 мг/л), чем Енисейская (55,2 мг/л).